(一)根据不同的用途划分

根据不同的用途普通特种集装箱可划分为通用特种集装箱和专用特种集装箱。

(1)通用特种集装箱，又称干货集装箱或杂货集装箱，是指全封闭式，具有刚性的箱顶、侧壁、端壁和壁底，至少在一面端壁上有箱门的集装箱。通用集装箱适于装运大多数普通货物。

(2)专用特种集装箱，是指为便于不通过端门装卸货物，或为通风等特殊用途而设有独特结构的普通或货物集装箱，包括通风集装箱、敞顶集装箱、台架式集装箱和平台集装箱。

(二)根据不同的结构划分

普通货物集装箱的结构有内柱式、外柱式、折叠式和薄壳式等，由此可划分：

(1)内柱式特种集装箱它的侧柱或端柱位于侧壁或端壁之内，优点是外表平滑，受斜向外力不易损伤，印刷标志也比较方便，外板与内衬板之间留有空隙，故防热效果好，并能减少货物的湿损率，在修理和更换外板时，箱内衬不需要取下。

(2)外柱式特种集装箱它的侧柱或端柱是在侧壁或端壁之外，故受外力时，对外板不易损伤，有时可以不要内衬板。

(3)折叠式特种集装箱它的主要部件(指侧壁、端壁和箱顶)能简单地折叠或分解。再次使用时可以方便地再组合起来。优点是在回收和保管时能缩小箱的体积，提高运输的经济效果。但由于各主要部件是用铰链连接的，故其强度受影响。

(4)薄壳式特种集装箱与一般特种集装箱结构(由骨架承受荷重、箱的外板与骨架是铆接或焊接在一起的)不同，所有的部件组成一个刚体，近似飞机结构。优点是重量轻，它的整体可以承受所发生的扭力而不会引起永久变形，但工艺要求高。